มนุษย์ได้อพยพย้ายถิ่นฐานออกจากแอฟริกาสองครั้ง ครั้งแรกเป็นของมนุษย์ H. erectus โดยเข้าไปในยูเรเชียประมาณ 1.9-1.7 ล้านปีก่อน ครั้งสองเป็นของ H. sapiens ที่เริ่มในช่วง MSA ประมาณ 80,000-50,000 ปีก่อน โดยอพยพไปในเอเชีย ออสเตรเลีย และยุโรป[19][20]ซึ่งอาจเป็นจำนวนน้อยในตอนต้น ๆ แต่โดย 30,000 ปีก่อน ก็ได้แทนที่มนุษย์นีแอนเดอร์ทาล และ H. erectus เกือบทั้งหมด[21]การอพยพแต่ละรอบแสดงถึงความยืดหยุ่นที่เพิ่มขึ้นของมนุษย์สกุล Homo ในการรอดชีวิตในภูมิอากาศที่ต่าง ๆ กันอย่างมาก

งานศึกษาปี 2550 ที่วัดกะโหลกศีรษะมนุษย์เป็นจำนวนมาก สนับสนุนกำเนิดของ Homo sapiens จากแอฟริกากลางหรือใต้ เพราะว่าเป็นเขตที่กลุ่มประชากรมีลักษณะปรากฏทางพันธุกรรมที่มีขนาดต่าง ๆ กันมากที่สุดแม้หลักฐานทางพันธุกรรมก็สนับสนุนข้อสรุปนี้เช่นกัน[21]

แต่ว่า ก็ยังมีหลักฐานทางพันธุกรรมที่แสดงว่า การอพยพออกจากแอฟริกาเริ่มต้นที่ภาคตะวันออกและโบราณสถานต่าง ๆ เช่น Omo Kibish Formation, Herto Member ของ Bouri Formation, และ Mumba Cave ก็มีหลักฐานซากดึกดำบรรพ์ซึ่งสนับสนุนข้อสรุปนี้ด้วย[8]